其子也先继任太师，成为北元朝廷实际上的统治者。
也先雄才大略，在他的努力下，草原上重归一统。
在正统十四年，也先率军在土木堡歼灭明军20万精锐，一战终结大明帝国昂扬向上的国运。
景泰五年，也先在政变中被平章阿剌知院刺杀。
随后喀喇沁部孛来又杀了阿剌知院，从此北元再次分裂混战，好不容易稳定的局面再次崩坏。
成化十五年，济农巴彦蒙克之子巴图孟克继位北元大汗，他就是北元历史上赫赫有名的中兴之主“达延汗”。
成化二十二年，达延汗诛灭权臣太师亦思马因，自掌朝政。
从洪武二十四年，也速迭儿病逝到成化二十二年，达延汗亲政。
整整95年，北元终于有了一个有实权的大汗。
达延汗鉴于权臣频频干预国政的弊端，废除了太师、丞相等官职。
恢复了成吉思汗时代的济农制度，强化了中央集权。
随后达延汗亲率大军，征服了鄂尔多斯部、土默特部、永谢布部、蒙郭勒津部、喀尔喀部、兀良哈部、科尔沁部，以及兀良哈三卫等蒙古诸落。
至正德五年，达延汗基本统一蒙古本部。
正德十二年，达延汗逝世，达延汗长孙博迪继承汗位，号“阿剌克汗”。
嘉靖二十六年，博迪离世，其子达赉逊即汗位，号“库登汗”。
此时蒙古鞑靼部崛起，鞑靼部首领阿勒坦自立为汗，号“俺答汗”。
北元从此一分为二，再次分裂。万历三十二年，林丹巴图尔继承北元汗位。